İslam dininin gerek teorik gerekse pratik açıdan temellerini anlamayı ve yeniden yorumlamayı amaçlayan Temel İslam Bilimleri Bölümü, İslam’ın inanç, ibadet ve ahlak esaslarını başta Kur’an-ı Kerim ve Hz. Peygamberin sünneti olmak üzere, dinin ana kaynaklarını esas alarak, tarihî tecrübe, gelenek ve modern araştırmalar bağlamında araştırmaya ve eğitim-öğretim vermeye çalışmaktadır. Bu doğrultuda Temel İslam Bilimleri Bölümü Tefsir, Hadis, Kelam, İslam Hukuku, İslam Mezhepleri Tarihi, Tasavvuf, Kur'ân-ı Kerim Okuma ve Kıraat İlmi ve Arap Dili ve Belagatı olmak üzere dini ilimlerin temel sekiz alanını kapsayan anabilim dallarından oluşmaktadır.
Tefsir anabilim dalında, Kur’an-ı Kerîm’in ana konuları, ilimleri, yorumlanması ve bu hususlara dair metodoloji ve literatür tarih boyunca oluşan birikim ve çağdaş araştırmalar doğrultusunda ele alınmaktadır. Hadis anabilim dalı, Hz. Peygamberin söz ve davranışlarından oluşan literatürü, metin, tarih ve usul çerçevesinde araştırmakta, yorumlanması doğrultusunda bilgi üretmeye çalışmaktadır. Kelam anabilim dalı, İslam dininin doktriner yapısını, inanç esaslarını, dünya görüşünü ya da temel felsefesini, uluhiyet, nübüvvet ve ahiret temelinde olmak üzere, varlık, insan ve bilgi öğretisi, din anlayışları, düşünce gelenekleri ve bunlarla ilişkili problemleri ve tarihini konu edinir. İslâm Hukuku anabilim dalında hukuk tekniği ve yöntemleri, hukuk tarihi ve felsefesi, hukukun temel amaç ve ilkelerinin bilimsel bir çerçevede öğretilmesi hedeflenmektedir. Yaşam hakkının kutsallığı, insanların akıl ve ruh sağlığının korunması, dini inançlara saygı, insanların mal ve iffetlerinin korunması amaçlanan temel değerlerdir. Bu değerlerin kuramsal olarak temelleri ve pratik olarak uygulanmasında uyulacak ilkeler bu dersin ana konularını oluşturmaktadır. Ayrıca günümüz hukuk sistemleri ile karşılaştırılarak İslam hukukunun pozitif değerinin ortaya konması da amaçlanmaktadır. İslam Mezhepleri Tarihi anabilim dalı, gerek itikadi gerekse ameli mezheplerin temel fikirleri, dayanakları ve farklılıklarını, tarihi birikimi, geleneği ve çağdaş problemleri dikkate alarak mukayeseli çalışmalarda bulunur. Tasavvuf anabilim dalı, İslam düşüncesindeki bilginin yanında hâl ve amele vurgu yapan irfan geleneğini anlamaya ve yorumlamaya çalışır. Arap Dili ve Belağatı anabilim dalı, İslam dininin temel kaynakları üzerinde araştırmalarda bulunabilmek maksadıyla gerekli olan Arap Dilinin, filolojik yapısını ve derininde yatan dünya görüşünü inceleyerek, öğretilmesini amaçlar. Kur'ân-ı Kerîm Okuma ve Kıraat İlmi anabilim dalı İslam dininin temel kaynağı olan Kur’an’ı Kerim’in kurallarına uygun olarak okunması ve kelimelerinin doğru şekilde telaffuz edilmesi gibi konuları ele alan bir anabilim dalıdır.